Puntel studierte in München, Innsbruck, Wien, Paris und Rom Philosophie, Theologie, Altphilologie und Psychologie. Er wurde 1968 in München in Philosophie promoviert und 1969 an der Universität Innsbruck in katholischer Theologie. 1971 habilitierte er sich in München. Bevor er von 1975 bis zu seiner Emeritierung eine Professur an der LMU München innehatte, war er Professor für Metaphysik an der Hochschule für Philosophie.
Seit 1983 war er mehrfach zu Forschungsaufenthalten und Gastprofessuren in Pittsburgh, Harvard und Princeton. Er vertrat eine eigenständige Position des idealistischen Strukturenrealismus, der die ganze Welt als eine komplexe Konfiguration von satzartigen, intelligiblen Grundstrukturen ansah. Die Substanzmetaphysik lehnte er ab. Seine Wurzeln im Seinsbegriff des Thomismus einerseits und im idealistischen Systemwillen Hegels andererseits, sind immer noch klar zu erkennen. Die klassische Frage nach dem „Sein im Ganzen“ war sein Leitstern.
Er situierte sich aber nach seiner Abkehr von Hegel bewusst innerhalb des methodologischen Rahmens der zeitgenössischen analytischen Philosophie, der ihm weltweite Rezeption ermöglichte. Seine letzten drei Bücher, „Struktur und Sein“, „Sein und Gott“ und „Sein und Nichts“, bilden zusammen den vermutlich umfassendsten deutschsprachigen Beitrag zur zeitgenössischen Metaphysik. Seine Werke wurden in viele Sprachen übersetzt. Als „Structure and Being“ in den USA erschien, ordnete ein Rezensent das so ein:
„Ein meisterhaftes Werk in der großen Tradition der systematischen Philosophie, wie es in diesem Land vielleicht seit Alfred North Whiteheads „Process and Reality“ nicht mehr erschienen ist.“
Puntel gewann 2011 den Findlay Prize in Metaphysik und erhielt 2016 ein Ehrendoktorat für herausragende Leistungen in der Philosophie von der Hochschule für Philosophie in München. Sein Tod ist ein großer Verlust für die Philosophie.
Die Hochschule für Philosophie München wird Lorenz Bruno Puntel ein ehrendes Andenken bewahren - R.I.P.
Gespräch zwischen Lorenz Bruno Puntel und Godehard Brüntrup SJ (2023)
Festvortrag von Lorenz Bruno Puntel im Rahmen der Verleihung der Ehrendoktorwürde (2016)