Klaus Mertes SJ ist derzeit Superior der Jesuitenkommunität in Berlin-Charlottenburg und Redaktionsmitglied der Kulturzeitschrift "Stimmen der Zeit". Seit 1990 war er im Schuldienst tätig, zunächst 1990-1993 an der Sankt-Ansgar-Schule in Hamburg, 1994-2011 am Canisius-Kolleg in Berlin, dessen Rektor er seit 2000 war. Von 2011 bis 2020 war er Kollegdirektor am internationalen Jesuitenkolleg in St. Blasien.
Als sich Matthias Katsch, einer von drei ehemaligen Schülern des Berliner Canisius-Kollegs, im Januar 2010 an den damaligen Schulleiter, Jesuitenpater Klaus Mertes SJ, wandten und ihm vom Missbrauch in den 1970er und 80er Jahren an der Schule erzählten, machte Mertes SJ den Missbrauchsskandal in einem Schreiben an ehemalige Schüler öffentlich.
Für seine Verdienste zur Bekämpfung von Missbrauch an Kindern wurde Mertes SJ 2021 mit dem Bundesverdienstkreuz ausgezeichnet.